Contents

5.3. Платформоос өгсөн ажиллах цагийн цөмийн тодорхойлолт

JupyterLab интерфэйсийг нээсний дараа та платформоос өгсөн ажиллах цагийн цөмийг харж болно: numref:kernel_iga.

../../_images/kernal_iga_xdc.png

Fig. 5.18 Платформоор хангагдсан ажиллаж байгаа цөм

Одоогийн байдлаар платформ нь дараах гурван цөмийг ажиллуулж байна. Дараа нь нийтийн цөм болон цөм дэх анхдагч ангийн номын санг хэрэгцээний дагуу нэмнэ.

  1. Python 3.11 [Систем]

  2. Python 3.12 [Conda]

  3. R 4.4 [Конда]

Note

  1. Одоогийн байдлаар Python-ийн биоинформатиктай холбоотой технологийн талаарх ойлголт бага байна. Хэрэв та холбогдох ангийн номын санг суулгах шаардлагатай бол мэдээллийн төвтэй холбогдоно уу.

  2. Хэрэв танд ажиллаж байгаа цөмд тавигдах тусгай шаардлага байгаа бол мэдээллийн төвтэй холбогдож хэрэглэгчдэд тохируулах боломжтой.

5.3.1. Цөмийн тэмдэглэл: Python 3.11 [Систем]

Ашигласан Python нь серверийн үйлдлийн системтэй хамт ирдэг Python 3.11 юм. Холбогдох модулиудыг Debian хөгжүүлэлтийн баг багцалсан бөгөөд тогтвортой ажилладаг боловч ерөнхийдөө хувилбар нь харьцангуй хуучирсан, Debian репозитор руу орж байгаа програм хангамжийн багцууд нь харьцангуй боловсорч гүйцсэн бөгөөд илүү сайн хөгжүүлэлтийн дэмжлэгтэй байх болно; Хэрэв ажиллаж байгаа хувилбарт тусгай шаардлага байхгүй бол энэ цөмийг ашиглахыг зөвлөж байна. Суулгасан модулиудад:

Ерөнхий шинжлэх ухааны тооцооллын модуль:

  • python3-pandas

  • python3-numpy

  • python3-scipy

Газарзүйн мэдээллийн нийтлэг модулиуд:

  • python3-gdal

  • python3-pyproj

  • python3-shapely

  • python3-fiona

  • python3-mapnik

  • python3-geopandas

  • python3-mapscript

  • python3-cairosvg

  • python3-cartopy

  • python3-folium

  • python3-fiona

  • python3-rasterio

Био-информатик модуль:

  • python3-skbio

  • питон3-биотолууд

  • питон3-биопитон

5.3.2. Цөмийн тэмдэглэл: Python 3.12 [Conda]

Conda орчинд суурилсан газарзүйн мэдээллийн цөм нь Python хувилбар нь 3.12.

Суулгасан газарзүйн мэдээллийн модуль нь:

  • gdal

  • geopandas

  • shapely

  • folium

Суурилуулсан биоинформатик модулиудад:

  • neurokit2

5.3.3. Цөмийн тэмдэглэл: R 4.4 [Conda]

R хэлний цөмийг Conda орчин, R 4.4.1 хувилбар дээр үндэслэн суулгасан. Суулгасан модулиудад:

  • r-devtools

  • r-ggplot2

  • r-reshape2

  • r-corrplot

previous

5.2. Нэвтэрсэний дараа мэдээлэл

next

6. Ирээдүйн хувилбарууд, мал аж ахуйн тогтолцооны оновчтой зохицуулалт